明治32年７月、屯田兵第三大隊第五中隊九十九戸が入地、錬兵場の一角に開村記念標を建て、天照皇大神を奉斎、15日入隊式が行われました。これが士別開基、士別神社のご創祀で、この日が例祭日に定められました。

　明治35年、名越源五郎中隊長は社殿建立を屯田兵に議り、現・九十九山に共同作業で祠を建立、例祭日に鎮座祭が行われました。開拓が進むにつれて住民も増加し、祭典には興行物も数々かかり、近隣町村からの人出で賑わうようになりました。

　明治45年、九十九山に明治天皇遥拝殿が建立され村民多数参列遥拝式が挙行され、その後拝殿として使用されました。
 
　大正４年士別町制施工、町勢の進展めざましく、公認神社待望の世論が高まり、７年創立出願、翌８年創立許可、村社に列格しました。

　越えて大正１３年、根元文敬町長を会長に士別神社造営会が発足、御造営事業が始り、１５年本殿竣功、神殿に遷座されました。

  　昭和３年ご大典の慶事、士別開基３０年に際会、拝殿工事が開始され、全町民氏子の熱烈な奉賛によって、昭和５年竣工し御造営事業が完了、道随一といわれる壮麗なご社殿の完成をみました。

　昭和１４年、東山神社（無願社）を合祀、翌１５年紀元二千六百年を記念して昇格出願、１７年郷社にご昇格、引続き県社への諸条件が完備しましたが、大東亜戦争終結、社格は廃止されました。
 
　戦後、神社制度が変革、昭和２１年神社本庁所轄の法人となりました。
 
　昭和３５年以降１０年毎に式年大祭を斎行、平成１１年には御創祀百周年を奉祝、それぞれ記念事業を実施、愈々森厳さを増しつつ士別の鎮守さま、当地方安らぎ幸せの守り神として、広く崇敬されております。